Rok 1990 przyniósł miastu pierwsze w
powojennej historii miasta demokratyczne wybory samorządowe.
Głębokie zmiany
ustrojowe przełomu lat 1989/1990 doprowadziły do nowego i jakościowo całkowicie
odmiennego etapu w administrowaniu i kierowaniu sprawami miasta. Wybory
postawiły na czele władz Koszalina nowych ludzi i pozwoliły na całkowicie nowych
zasadach - demokracji i gospodarki rynkowej - ukierunkować działalność samorządu
miejskiego. Prezydentem miasta I kadencji samorządu został Bogdan Krawczyk,
przewodniczącym Rady Miejskiej - wybrano Ryszarda Wiśniewskiego.
Wielkim wydarzeniem
dla koszalinian była wizyta
w 1991 roku Ojca Świętego
Jana Pawła II. Podczas
dwudniowej wizyty papież
poświęcił Wyższe
Seminarium Duchowne
w Wilkowie i kaplicę Matki Bożej Trzykroć Przedziwnej
na Górze Chełmskiej. Koncelebrował mszę na placu przy kościele pw. Świętego
Ducha, odwiedził katedrę NMP i spotkał się z żołnierzami na lotnisku w Zegrzu
Pomorskim. W piątą rocznicę wizyty papieża, w centrum miasta przed katedrą, 
odsłonięto
pomnik Jana
Pawła
II. W 1992 roku utworzono w mieście
Centralny Ośrodek Szkolenia Straży Granicznej, a w 1994 roku swój rok akademicki
zainaugurowała prywatna wyższa uczelnia - Bałtycka Wyższa Szkoła Humanistyczna.
Trudny proces dostosowywania istniejących firm do zasad
wolnego rynku spowodował
daleko idące przekształcenia. W większości przedsiębiorstw nie tylko zmieniły
się formy własności, ale również profile produkcji, technologia, organizacja
pracy, sposoby zarządzania. Znacznej części firm nie udało się przystosować do
nowych zasad funkcjonowania gospodarki (np. Kazel, Płytolen), co z kolei
spowodowało duży wzrost zupełnie nowego zjawiska - bezrobocia. Lata
dziewięćdziesiąte to jednak okres wielu dużych inwestycji, które napędzały
koniunkturę w mieście.
W 1995 roku miasto oddało wybudowaną dużym nakładem finansowym now
oczesną
oczyszczalnię ścieków w Jamnie. Dwa lata później przekazano do użytku nową
stację uzdatniania wody przy ul. Rzecznej, którą wykonano na miejskim ujęciu
wody. Przystąpiono do modernizacji wielu dróg, budynków komunalnych,
zainwestowano duże środki w modernizację składowiska odpadów komunalnych w
Sianowie, wybudowano dalsze odcinki kolektora sanitarnego, wiele ulic otrzymało
kanalizację i oświetlenie. Poprawiono również bezpieczeństwo mieszkańców poprzez
wykonanie sygnalizacji świetlnych na skrzyżowaniach. Duże nakłady miasto
przeznaczało na utrzymanie oświaty (przejęto administrowanie szkół), budowę
nowych sal sportowych i instytucje kultury (m.in. całkowita modernizacja
Miejskiego Ośrodka Kultury). Znacznie poprawiło się w tym czasie funkcjonowanie
koszalińskich firm komunalnych, które stały się szybko wiodącymi w swoich
branżach i inwestującymi w infrastrukturę miasta przedsiębiorstwami.